Die Mitgliederversammlung ist das oberste Entscheidungsgremium des BayZeN.
Die Mitgliederversammlung setzt sich aus, von den Hochschulleitungen der Mitgliedshochschulen entsendeten, Delegierten zusammen (zwei Personen mit einer Stimme je Hochschule). Darüber hinaus sind zwei Studierende Mitglied der Mitgliederversammlung mit je einer Stimme. Diese werden vom Bayerischen Landesstudierendenrat (BayStuRa) entsandt.
Die Mitgliederversammlung trifft wesentliche Entscheidungen bezüglich der Organisation, Struktur, Finanzierung und Aufgaben des BayZeN. Sie beschließt über die von den Mitgliedern zu entrichtenden Mitgliedsbeiträge und wählt die Mitglieder der Steuerungsgruppe.
